ماجرای کتاب «طرح کلی اندیشهٔ اسلامی در قرآن» به رمضان سال ۱۳۵۳ شمسی بازمی‌گردد. جلسات سید علی خامنه‌ای در مسجد کرامت مشهد در اسفند سال ۱۳۵۲ به‌وسیلهٔ ساواک تعطیل شد. پس از این تعطیلی وی در جلسات مختلفی به سخنرانی و تبلیغ می‌پرداخت. یکی از این محافل مسجد امام حسن مجتبی بود که او در آنجا به اقامهٔ نماز جماعت و طرح تازه‌ای برای سخنرانی‌هایش می‌پرداخت و عنوان آن «طرح تبیین رئوس و اصول کلی اندیشهٔ اسلامی با تکیه بر قرآن کریم» بود. در این طرح قرار بود اصول اصلی اعتقادات اسلامی مستند به آیات قرآن بررسی و تبیین شود؛ این مباحث در ماه رمضان سال ۱۳۵۳ شمسی مطرح شد. مجموعهٔ این مباحث در چند مرحله برای چاپ آماده شد و به انتشار رسید. در ابتدا کتابچه‌ای از خلاصهٔ مباحث در سال ۱۳۵۴ منتشر شد؛ اما صورت کامل و پیاده‌شدهٔ همهٔ سخنرانی‌ها بعد از انقلاب انجام شد. پس از وقوع انقلاب اسلامی نیز تا مدت‌ها انتشار متن کامل سخنرانی‌ها ممکن نشد. البته بخش‌هایی از آن در قالب جزوه‌ها و کتابچه‌هایی در دسترس قرار می‌گرفت. مجموعهٔ سخنرانی‌ها در سال ۱۳۹۲ در قالب کتابی با نام «طرح کلی اندیشهٔ اسلامی در قرآن» از سوی «مرکز صهبا» منتشر شد.
ویژگی‌های کتاب
این کتاب با کتاب‌های متعددی که با عنوان اندیشه اسلامی یا اصول عقاید به رشته تحریر درآمده‌اند متفاوت است. از نظر مؤلف کتابهایی که به اصول اعتقادی دین پرداخته‌اند یک سری مفاهیم ذهنی هستند و در مقام اثبات درستی این اصول و پاسخگویی به شبهات مطرح شده‌اند. برخلاف این کتابها، «طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن» مباحث ضروری دین را به گونه‌ای دیگر معرفی کرده‌است؛ یعنی در کتاب، اصول اساسیِ اعتقادی دین، مبتنی بر آیات قرآن به مخاطب عرضه شده‌است، به طوری که این اصول اعتقادی از سطح مفاهیمی ذهنی خارج شده و رنگ و بوی عملی گرفته‌اند.
اولین ویژگی این کتاب اینست که از جنس کتاب‌های کلامی نیست که روند اثبات و نفی در پیش گرفته باشد، بلکه اصول اصلی اندیشه اسلامی را از روی آیات قرآن و بر مبنای توضیح مسائل اساسی دین تبیین کرده‌است.
ارائه نمایی کلی از اندیشه اسلامی به جهانیان است، نه فقط مسلمانان، بلکه یکایک انسانها، چه موحد و چه غیر موحد. هر کس، با هر ایده و تفکری، می‌تواند مخاطب این کتاب باشد.
تعریفی دوباره از دین به مخاطب داده‌است. تعریفی که دین را تنها مجموعه‌ای از اصول فکری یا عملیِ مجزا نمی‌داند، بلکه آن را مجموعه‌ای متحد تعریف می‌کند که با نظمی خاص در کنار هم قرار گرفته‌اند.
ارائه نگاهی کلی از تفکر توحیدی، با در نظر داشتن شئون مختلف زندگی بشر
نگاهی نو به مفاهیم دینی؛ اگرچه کلمات، کلماتی هستند که مکرر به گوش شنونده رسیده‌است، اما ابعادی تازه می‌بخشید که در آن روزگار مورد انتقاد قرار می‌گرفت
انطباق مباحث آن با سیره سیاسی امامان شیعه
توجه ویژه به درد اصلی جوامع بشری و مسلمانها: ضعف ایمان. وی، حقیقت ایمان را به مخاطبان خود معرفی می‌کند؛ و تشریح می‌کند که این باور آگاهانه و تعهدآور، اگر درست شناخته شود، همچون روحی که جسم را به حرکت درمی‌آورد، عقاید را به صحنه زندگی و اجتماعات بشری وارد کرده و آنگاه، این ایمان، انسان ساز و جامعه ساز خواهد شد.
وحدت آفرین بودن مباحث آن برای امت اسلامی.
آموزش شیوه تدبر و تعمق در قرآن به مخاطبان
توجه خاص به جوانان: مخاطب اصلی این جلسات، عموماً قشر جوان هستند.
